En 1247 se nombra como Villa Gonçalvo; en 1591 como Villagonçalo, aludiendo a su repoblador; y en el siglo XX se le ha añadido “de Coca”.
Pertenece al Ayuntamiento de Coca desde 1969 en que fue anexionado y de la que le separan unos cuatro kilómetros. Hasta el siglo XIX se llamó simplemente Villagonzalo.
Su término municipal abarca 1.500 hectáreas. Por él cruzaba la línea férrea Segovia-Medina del Campo. Y dentro de él sobresalen las lagunas de Valderrueda, de Las Eras y la de la Iglesia, así como la de Fuente Miñor. Sus aguas son absorbidas o aportadas por un arroyo temporal que desemboca en el Eresma, y acoge a numerosas especies de anátidas. Son lagunas de agua salada en las que se puede contemplar una fauna de aves acuáticas de las más interesantes de Castilla y León.
Un caño situado a las afueras del pueblo surtía a los vecinos de agua, aunque han sido numerosos los sondeos y pozos abiertos en los últimos años, tanto para abastecimiento como para el regadío. De hecho, el desarrollo de la nueva agricultura de riego ha permitido que Villagonzalo fuera uno de los núcleos donde más auge tuvo el cultivo de remolacha azucarera.
Dentro de su casco urbano sobresale la iglesia parroquial dedicada a San Juan Bautista, de estilo mudéjar. En su interior acoge una imagen románica de madera tallada conocida como la Virgen de Neguillán.
